Les 10 membres fondateurs ont constitué un conseil apostolique des fondateurs , dont la mission est de fédérer les institutions ignatiennes dans leur soutien au CPU en ressources humaines, matérielles et financières. 
Les institutions fondatrices du CPU ont choisi de fonctionner uniquement avec des bénévoles. Elles restent ouvertes à toute participation, pourvu qu’elle ne soit pas contraire à l’Evangile. A travers un service aux étudiants, elles veulent développer des relations fraternelles, c’est-à-dire sans conditions d’appartenance.
Le CPU veut être ainsi un lieu où toute rencontre, qu’elle soit interculturelle, interreligieuse, internationale ou intergénérationnelle puisse devenir une expérience et un facteur de paix.